عملکرد اصلی آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی کشت نمونه های مختلف بیماران مشکوک به عفونت به منظور بررسی میکروارگانیسم ها، شناسایی دقیق گونه های جدا شده، انجام آزمایش های حساسیت به آنتی بیوتیک ها، ارزیابی نمونه های سرولوژیکی و آزمایش های مستقیم انگل شناسی و قارچ شناسی برای بیماری های عفونی است.

این موارد در شناسایی و تشخیص بیماری های عفونی به پزشکان کمک خواهد کرد. آزمایشگاه میکروب شناسی طبق استانداردهای موجود مجهز شده و همانند سایر بخش های این آزمایشگاه برنامه کنترل کیفی بسیار جامع و منسجمی بر اساس الزامات مرجع سلامت و سایر استانداردهای آزمایشگاهی معتبر تهیه و تدوین شده است.